怀孕40天左右时孕酮低且出血类似来例假，这很可能是出现了先兆流产。确诊后可采取如下措施：
一、一般治疗：患者要绝对卧床休息，严禁性生活，同时要加强营养摄入，保持情绪平稳，注重下体的清洁卫生。
二、药物治疗：
1.因为存在孕酮过低的情况，所以需要补充孕激素以防止流产发生，比如可使用地屈孕酮、黄体酮胶囊等药物。
2.为预防感染，还应口服阿莫西林、头孢西丁等抗生素类药物。
三、药物流产：要是流产难以避免，且符合药物流产条件，那么可进行药物流产，例如使用米非司酮、米索前列醇等。在用药过程中，孕妇务必严格遵循医嘱，安全合理用药，不可擅自用药，以免引发严重不良反应。
总结概括提示：本文主要阐述了怀孕40天左右孕酮低伴出血类似来例假时可能为先兆流产，介绍了针对该情况的一般治疗、药物治疗（包括补充孕激素和预防感染用药）以及流产难以避免时的药物流产方法和相关药物，并强调孕妇要遵医嘱用药。