三个月宝宝便秘的治疗方法包括养成排便习惯、改善饮食结构、益生菌或开塞露辅助排便、手术治疗等，具体应根据病因及个人情况选择合适方案，且要遵医嘱治疗。
一、养成排便习惯：三个月宝宝便秘多数是功能性的或与饮食有关，由于婴儿肌肉、神经等处于发育阶段，排便反射较弱，所以需要给婴儿养成定时定期排便的良好习惯。
二、改善饮食结构：长期食用高蛋白质而少糖的食物易导致大便干结而使宝宝便秘，此时只需调整饮食结构。
三、辅助排便：
1.若奶量或辅食进食少，会使大便形成速度慢，造成便秘假象，且长期进食不足会影响身体正常发育进而影响排便功能。这种情况通常只需适当服用肠道益生菌帮助消化，或直接服用开塞露缓解症状，但改善过程相对较长，由于三个月宝宝属于特殊人群，一定要严格遵医嘱用药。
2.如果是先天性巨结肠、先天性甲状腺功能低下等病理因素导致的便秘，那么可能需要根据患儿病情严重程度、年龄、全身状况等多种因素选择相应的药物或手术治疗。
总之，三个月宝宝便秘的治疗不可急于求成，一定要做到对因对症治疗，切不可自行用药以免延误病情导致严重后果。