目前很难绝对说最好的不孕不育医院在哪里，不过在国内一些大城市的大型三甲医院生殖医学中心实力较强。比如北京协和医院妇产科生殖内分泌与辅助生殖专科，其在不孕不育诊治方面有多年经验，拥有专业的医疗团队和先进的技术设备。上海交通大学医学院附属瑞金医院生殖医学中心也是比较知名的，在辅助生殖技术等方面有一定优势。广州医科大学附属第三医院生殖医学中心同样有较高的声誉。
从医院资质看
一般来说，具备三甲医院资质的生殖医学中心在不孕不育诊疗上更有保障。三甲医院有更雄厚的资金投入用于引进先进的检查设备，像美国贝克曼库尔特的全自动生化分析仪等，能更精准地进行各项指标检测。同时，三甲医院的医生通常经过更系统的培训和长期的临床实践，积累了丰富的经验，对于各种复杂的不孕不育情况都能较好地应对。
从技术水平看
一些医院在辅助生殖技术方面处于领先地位。例如体外受精 - 胚胎移植技术（IVF - ET），也就是常说的“试管婴儿”技术，有些医院的成功率能达到较高水平。在单精子卵胞浆内注射技术（ICSI）上，技术成熟的医院能更好地解决男性严重少精、弱精等导致的不孕问题。还有胚胎植入前遗传学诊断/筛查（PGD/PGS）技术，能帮助有遗传疾病风险的夫妇生育健康的宝宝，掌握该技术的医院在复杂不孕不育情况的应对上更具优势。
从科研实力看
有较强科研实力的医院往往能及时接触到最新的不孕不育诊疗研究成果并应用到临床中。比如参与国家或省级相关生殖医学科研项目的医院，能第一时间了解到新的药物研发进展、新的治疗方案等。通过参与科研，医院的医生团队能不断更新自己的知识体系，为患者提供更前沿、更有效的治疗方法。而且科研实力强的医院通常能吸引更多优秀的人才加入，进一步提升医院在不孕不育领域的诊疗水平。