新生儿拉肚子时，应在医师指导下通过控制感染、饮食疗法、液体疗法等进行治疗。具体如下：
一、控制感染：
1.若为细菌感染，在医师指导下，针对鼠伤寒沙门氏菌可口服羟氨苄青霉素治疗，重症病例可口服第三代头孢菌素；针对空肠弯曲菌可使用大环内酯类药物；针对金黄色葡萄球菌肠炎可使用新花青素II和万古霉素。
2.若为抗生素引起的二重真菌感染，则停止使用抗生素来治疗真菌性肠炎，改为口服制霉菌素。
二、饮食疗法：
1.继续母乳喂养，对于严重腹泻、呕吐的患者，可以禁食4至6小时，但不能禁止饮水。
2.若禁食时间≤6小时，则应尽快恢复饮食。
三、液体疗法：
从腹泻开始，应口服足够的液体以防止脱水。母乳喂养的婴儿应继续母乳喂养，增加喂养频率并延长单次喂养时间；混合喂养的婴儿应在母乳喂养的基础上给予口服补液器或其他清洁饮用水。当然，如果是母乳喂养引起的生理性腹泻，通常无需特别处理。总之，当新生儿拉肚子时，应在医师指导下采取对症治疗的措施。