怀孕后有褐色分泌物主要考虑以下原因：
一、胚胎发育异常：若胎儿发育异常，如出现自然流产，就容易导致怀孕后有褐色分泌物。其中主要原因是染色体异常引起的早孕期流产等问题。当胚胎自身存在缺陷，无法正常发育时，就可能引发自然流产，进而表现为阴道出现褐色分泌物。
二、生化妊娠：生化妊娠指的是精卵已经结合，但没有在子宫腔内着床，或者有些受精卵虽然游回子宫，但同样未能成功着床，在5周内发生流产，即生化妊娠。这是因为受精卵在着床过程中遇到障碍，不能顺利着床发育，从而导致出血，表现为褐色分泌物。
三、宫外孕：宫外孕即异位妊娠，精子和卵子结合后，没有在子宫内着床，而是在其他部位。由于着床位置异常，随着胚胎发育可能导致局部出血，血液排出时就可能呈现褐色分泌物。孕妇对此一定要高度重视，建议及时前往当地医院进行相关检查，必要时需进行手术治疗。
总之，怀孕后出现褐色分泌物是不正常的现象，孕妇需密切关注自身情况，并及时就医检查，以便明确原因并采取相应的治疗措施。