一般来说，早上起来肚子疼的原因主要有以下几种：
一、受凉：这通常是由于患者晚上睡觉时腹部受到寒冷刺激。腹部受凉后会致使腹部内壁的血管收缩，引发痉挛现象，从而就会导致早上起来出现肚子疼的状况。
二、肠道菌群失调：在肠道菌群失调时，会让患者肠道蠕动的速度变快，进而产生早上起来肚子疼的症状。同时，还可能因肠道菌群失调而引发便秘、腹泻、口臭等表现。
三、急性肠胃炎：要是患者在前一天进食了不卫生的食物或者进食了刺激性食物等，就会因为细菌或病毒等的刺激而导致肚子疼。并且，还可能伴随有恶心、呕吐、腹泻等症状。
此外，像缺血性肠病等其他情况也会致使患者早上起来肚子疼。因此，建议患者一旦出现这种症状，应及时就医检查，明确病因后，在医生的指导下进行相应的处理。
总结：早上起来肚子疼可能由受凉、肠道菌群失调、急性肠胃炎等多种原因引起，还有其他情况也可能导致，出现症状应及时就医明确病因并处理。