肌肉萎缩的治疗需要综合多方面因素，目前并没有所谓“最好”的单一治疗方法，而是要根据不同病因和病情采取个体化综合治疗。一般来说，常见的治疗方式包括康复治疗、药物治疗以及针对原发病的治疗等。
康复治疗很关键
运动康复： 适当的运动锻炼对肌肉萎缩的恢复有帮助。比如对于因神经损伤导致的肌肉萎缩，可以进行针对性的肌力训练，像在专业指导下进行渐进式的抗阻训练，但要注意运动强度循序渐进，避免过度劳累加重肌肉损伤。一般建议每周进行3 - 5次运动训练，每次30分钟左右。物理治疗： 可以采用电刺激疗法，通过特定的电流刺激肌肉，促进肌肉的收缩和神经功能的恢复。例如低频电刺激，能够改善肌肉的血液循环，增强肌肉的兴奋性。
药物辅助治疗
神经营养药物： 像甲钴胺等药物可以起到营养神经的作用，有助于神经对肌肉的支配功能恢复。甲钴胺一般是口服制剂，每天可以服用3次，每次0.5毫克，但具体使用需遵医嘱。改善肌肉代谢药物： 三磷酸腺苷等药物可以参与肌肉的能量代谢，为肌肉的正常功能维持提供一定支持。
针对原发病治疗
神经病变相关： 如果肌肉萎缩是由周围神经病变引起，比如糖尿病性周围神经病变导致的肌肉萎缩，首先要积极控制血糖，将血糖稳定在合适范围，一般建议空腹血糖控制在4.4 - 7.0mmol/L，餐后血糖尽量控制在10mmol/L以下，同时配合营养神经等治疗来改善肌肉萎缩状况。肌病相关： 对于肌营养不良等肌肉本身疾病导致的肌肉萎缩，目前虽然没有特效根治药物，但可以通过一些药物来延缓病情进展，比如糖皮质激素在某些类型的肌营养不良治疗中可能会短期使用来改善症状，但要注意其可能带来的副作用，需在医生严格评估下使用。