新生儿手上起小水疱的原因包括蚊虫叮咬、湿疹、毛囊炎、接触性皮炎、手足口病等，可通过不同方法处理。具体如下：
一、蚊虫叮咬：蚊子叮咬后易引发肌肤刺激性反应，出现瘙痒、小水疱等情况。可对局部进行冰块冷敷，通常症状会逐渐改善。
二、湿疹：这是一种慢性、炎症性、瘙痒性皮肤病，皮疹呈现多形性，也可形成水疱。建议遵医嘱使用炉甘石洗剂、醋酸泼尼松乳膏等药物来改善症状。
1.炉甘石洗剂：主要成分为炉甘石、氧化锌、甘油等，具有收敛、保护作用。
2.醋酸泼尼松乳膏：属于糖皮质激素类药物，具有抗炎、抗过敏等作用。
三、毛囊炎：是以毛囊受累为主的炎症性皮肤病，可能导致瘙痒、疼痛、水疱等症状。建议遵医嘱使用复方多黏菌素B软膏、夫西地酸钠软膏等药物进行治疗。
1.复方多黏菌素B软膏：可用于预防皮肤割伤、擦伤、烧烫伤等创面的细菌感染等。
2.夫西地酸钠软膏：对与皮肤感染有关的各种革兰氏阳性球菌有强大的抗菌作用。
四、接触性皮炎：是皮肤接触外界物质引发的炎症性皮肤病，表现为红斑、肿胀、丘疹、水疱等。建议遵医嘱用药治疗，常用药物有莫匹罗星软膏、复方地塞米松乳膏等。
1.莫匹罗星软膏：主要用于各种细菌性皮肤感染。
2.复方地塞米松乳膏：具有抗炎、抗过敏等作用。
五、手足口病：由肠道病毒引起的急性发热出疹性传染病，可引起脓疱、水疱等症状。建议遵医嘱使用阿昔洛韦胶囊、利巴韦林颗粒等药物治疗。
1.阿昔洛韦胶囊：是抗病毒药，对单纯疱疹病毒、水痘带状疱疹病毒等有抑制作用。
2.利巴韦林颗粒：适用于呼吸道合胞病毒引起的病毒性肺炎与支气管炎等。
若症状较为严重，应及时就医，在医生指导下对症治疗。平时要做好皮肤护理，以防感染加重。总之，当发现新生儿手上有小水疱时，要仔细观察并根据具体情况采取合适的处理方法。