脸上扁平疣的治疗方法主要包括以下几种：
1.外用药物：可使用维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等药物涂抹在疣体上，有助于去除扁平疣。
2.物理治疗：包括冷冻治疗、激光治疗、电灼治疗等，通过物理方法直接去除疣体。
3.系统治疗：对于疣体数量较多或病情较为严重的患者，可口服抗病毒药物，如利巴韦林、伐昔洛韦等，以抑制病毒复制。
4.免疫调节剂：可使用卡介菌多糖核酸、胸腺肽等免疫调节剂，调节机体免疫力，帮助清除病毒。
5.中医治疗：中医认为扁平疣是由气血失和、腠理不密、外感风热毒邪所致，可采用中药调理、针灸等方法进行治疗。
需要注意的是，扁平疣具有传染性，患者应避免搔抓疣体，以免扩散。同时，要保持皮肤清洁，避免感染。在治疗过程中，应遵循医生的建议，按时用药，并注意观察疣体的变化。如果疣体持续不愈或出现加重，应及时就医复诊。此外，治疗方法的选择应根据患者的具体情况而定，如疣体的大小、数量、分布部位以及患者的健康状况等。在医生的指导下进行个性化治疗，才能取得更好的效果。