生殖器流褐色分泌物的原因包括宫颈炎、先兆流产、细菌性前列腺炎等。
一、宫颈炎：当患有宫颈炎时，炎症长时间对子宫颈组织产生刺激，会致使毛细血管破裂，进而出现出血现象，从而导致生殖器有流褐色分泌物的状况。患者应及时前往医院妇科就诊，一般需要在医生指导下口服甲硝唑或阿奇霉素等药物来进行医治。
二、先兆流产：对于处于妊娠期的女性，如果生殖器出现流褐色分泌物的情况，就需要警惕是否是由先兆流产引起的。此时需要及时卧床休息，减少活动量，必要时要到医院进行保胎治疗。
三、细菌性前列腺炎：若是男性，多数情况下是因为细菌性前列腺炎导致的，主要表现为尿频、尿急、尿痛等症状，也可能伴有褐色分泌物排出的现象。这需要在专业医生的指导下口服氨苄西林或者阿莫西林等药物予以治疗。
总之，当生殖器出现流褐色分泌物时，需要根据具体情况明确原因，并采取相应的治疗措施。