肝素主要通过增强抗凝血酶的活性而间接发挥抗凝效果。临床上，肝素常用于血栓栓塞疾病的治疗与预防，其发挥抗凝作用主要体现在以下几方面：
一、能有效抑制血小板的粘附和聚集。血小板的粘附和聚集在血栓形成过程中起着重要作用，肝素通过对这一过程的抑制，从而有助于防止血栓的形成。
二、可加强体内蛋白C的活性，刺激机体血管内皮释放一些纤溶物质以及抗凝物质，这是其预防血栓形成的主要机制。蛋白C具有抗凝作用，肝素能够增强其活性，进而促进抗凝效果的发挥；同时，促使血管内皮释放相关物质，也进一步增强了抗凝能力。
三、肝素可与抗凝血酶Ⅲ的一个赖氨酸残基结合，使抗凝血酶Ⅲ与凝血酶的亲和力增加100倍，能让凝血酶立即失活，进而产生抗凝作用，这是肝素起到抗凝作用的最主要机制。抗凝血酶Ⅲ本身就能抑制凝血酶等凝血因子，肝素与之结合后大大增强了这种抑制效果，实现了高效的抗凝。
总之，肝素通过上述多种途径发挥抗凝作用，在血栓栓塞疾病的防治中具有重要地位。