三岁宝宝半夜咳嗽可能是呼吸系统感染、肺炎或过敏性咳嗽所致。应及时送医进行血常规检查、X线胸片检查以明确病因。具体情况如下：
一、呼吸系统感染：
1.夜间人体迷走神经易兴奋，致支气管平滑肌痉挛，也会使支气管痉挛。炎症时支气管内有痰液积聚，加上支气管收缩，就会诱发咳嗽。
2.需进行止咳化痰和消炎治疗。止咳化痰药物如氨溴特罗口服溶液、肺力咳合剂等。消炎药物在咳嗽初期可用蒲地蓝消炎口服液，咳嗽后期可服用小儿头孢克肟颗粒。
二、肺炎：
1.宝宝半夜久咳不止应及时检查，确诊肺炎后要积极抗感染治疗。
2.需及早使用覆盖广泛的抗生素，如青霉素类、头孢类药物，同时服用止咳药如盐酸氨溴索、复方甘草片等。
三、过敏性咳嗽：
1.病因尚不明确，常规检查有X线检查、过敏原检测等。半夜咳嗽是因支气管黏膜充血肿胀、平滑肌痉挛及炎性分泌物增多且粘稠，使狭小支气管阻力增加而产生持续性咳嗽。
2.因过敏导致咳嗽，治疗上应考虑脱敏治疗。确诊后可在医嘱下使用布地奈德福莫特罗粉吸入剂、沙美特罗替卡松吸入气雾剂等。
总结提示：三岁宝宝半夜咳嗽的原因多样，要及时就医明确病因，并根据具体病因进行针对性治疗，合理选择相应的药物来缓解咳嗽症状。