男人阴茎短小通常与以下因素有关：一是遗传因素，二是营养不良，三是肥胖。
一、遗传因素：阴茎如同其他人体器官，其大小和形态特征受到遗传基因的控制与影响。如果家族中存在阴茎短小者，特别是直系亲属，那么该患者出现阴茎短小的可能性会显著增大。比如，若家族中的男性普遍存在阴茎较小的情况，后辈男性也可能遗传到这一特征。
二、营养不良：阴茎的大小与营养状况紧密相关。一般来说，体格健壮、身材高大的男性，其阴茎的发育往往较好，阴茎会相对粗大，不过阴茎大小与身高并非完全成比例。而在阴茎生长发育过程中，如果没有获得充足的营养供给，就可能导致患者出现阴茎短小的状况。比如，在青少年时期，身体发育需要各种营养物质，如果长期缺乏某些关键营养，如蛋白质、维生素等，就可能影响阴茎的正常发育。
三、肥胖：当患者过度肥胖时，脂肪会在阴茎周围堆积，使得阴茎看上去较小。而且脂肪细胞中含有芳香化酶，它会将男性的雄性激素转化为直接雌激素，从而造成阴茎发育不良。比如，肥胖者腹部、会阴部等部位的脂肪堆积较多，会在一定程度上掩盖阴茎的真实长度，同时因雄性激素的转化异常，影响阴茎的发育进程。
总之，男人阴茎短小受多种因素影响，若发现有这方面问题，应及时前往正规医院就诊，以便明确诊断，并在医生指导下进行针对性治疗。