胎儿脑子里有囊肿的原因通常包括以下方面：
一、孕妇在怀孕早期接触有毒有害物质可导致胎儿脑子里有囊肿，还可能引发流产、胚胎停止发育等情况，这种情况多发生在怀孕三个月内，此阶段为胎儿生长发育关键时期。
二、在胚胎形成时期，胎儿脑部脉络丛中毛细血管发生血管瘤样改变，包裹一部分脑脊液形成脉络丛囊肿。这种情况一般无需过度担忧，通常会随时间自行消失。
当胎儿出现脑子里有囊肿时，需依据具体严重程度对症处理。若在怀孕期间彩超检查发现胎儿有头部囊肿，可根据具体情况进行处理。如果囊肿小于一厘米以下，可先暂不处理，定期复查即可。但如果囊肿明显增大，需进一步做羊水穿刺确诊囊肿性质，若出现染色体异常，则要及时进行引产手术，否则会影响胎儿后续生长发育。
总之，胎儿脑子里有囊肿的原因多样，处理方法需根据具体情况来确定，要密切关注囊肿变化并采取合适的措施。