怀孕40天的孕囊大小通常在1至2厘米左右，不过这存在个体差异，和排卵早晚以及受精卵形成早晚有密切关系。排卵早，受精卵形成早，那么孕囊相对就会大些；反之，排卵晚，受精卵形成晚，孕囊就会较小。在怀孕40天时，主要需要进行B超检查来排除宫外孕。如果B超未发现宫内孕囊，就要检测血HCG，将两者结合起来判断宫外孕的可能性并进行相应处理。具体来说：
一、若血HCG超过2500至3000U/L时仍未见到宫内孕囊，就要留意宫外孕的可能。
1.（1）这种情况可能提示存在宫外孕风险。
（2）需要进一步观察和分析。
二、而如果B超看到宫内孕囊，可诊断为宫内孕。
1.（1）后续要定期进行产检。
（2）在2至3周后还需注意有无胚胎停育等特殊情况。
总之，怀孕40天孕囊大小有一定范围，但个体有差异，此时通过B超和血HCG等检查对于判断孕囊情况及是否宫外孕等非常重要。