扁桃体炎常用的药物主要有抗生素类药物等。一般细菌感染引起的扁桃体炎，常用青霉素类抗生素，比如青霉素G，大约70%的扁桃体炎是由A组乙型溶血性链球菌感染引起，青霉素对这类细菌有较好的抗菌作用。
抗生素类药物治疗
青霉素类： 如果患者对青霉素不过敏，青霉素是常用选择。它通过抑制细菌细胞壁合成发挥杀菌作用，能有效杀灭引起扁桃体炎的常见细菌。比如青霉素V钾片，可口服使用。头孢菌素类： 对于青霉素过敏的患者，可选用头孢菌素类药物。像头孢氨苄，属于第一代头孢菌素，对多种革兰阳性菌有抗菌活性，能针对扁桃体炎的致病菌发挥作用。头孢呋辛酯则是第二代头孢菌素，抗菌谱更广一些。
对症治疗药物
解热镇痛药： 当扁桃体炎患者出现发热、咽痛较剧烈时，可使用解热镇痛药。对乙酰氨基酚是常用的一种，它能通过抑制前列腺素合成，达到解热镇痛的效果，一般成人每次服用0.3 - 0.6克，间隔4 - 6小时可重复用药，24小时内不超过2克。布洛芬也是常用的解热镇痛药，具有抗炎、解热、镇痛作用，成人一次服用0.3 - 0.6克，每4 - 6小时一次，24小时用量不超过2.4克。糖皮质激素： 在一些严重的扁桃体炎患者中，如存在高热不退、扁桃体炎反复发作且伴有呼吸困难等情况时，可短期使用糖皮质激素。例如地塞米松，可静脉给药，能迅速减轻炎症反应，但使用时需严格掌握适应证和剂量，因为长期使用可能会有一些副作用，如导致免疫力下降等。
局部用药
含漱液： 常用的有复方硼砂含漱液，它可以清洁口腔、杀菌消炎，缓解扁桃体炎引起的咽部不适。使用时取适量含漱液，每日多次含漱。还有氯己定含漱液，能有效抑制口腔内的细菌，对扁桃体炎的局部炎症有一定的缓解作用。含片： 比如度米芬含片，它能吸附细菌的表面活性物质，降低其表面张力，使细菌的细胞壁和细胞膜破坏，从而发挥杀菌作用，可缓解扁桃体炎导致的咽痛等症状。西瓜霜含片也有清热泻火、消肿止痛的作用，有助于减轻扁桃体炎引起的咽部肿痛。