头孢哌酮钠舒巴坦钠使用后可能出现一些副作用。一般来说，其副作用发生率约在5% - 10%左右。
胃肠道方面的副作用
胃肠道不适： 部分患者可能出现恶心、呕吐的症状。例如，在用药过程中，约有2% - 5%的人会感觉胃部不适，出现恶心，严重些的可能会发生呕吐。腹泻： 也有患者会出现腹泻，腹泻的发生率大概在1% - 3%左右，可能是因为药物影响了肠道正常的菌群平衡等原因导致。
血液系统相关副作用
血小板功能异常： 少数患者可能出现血小板功能改变，比如血小板聚集功能受到影响，不过这种情况相对较少见，发生率低于1%。凝血功能障碍： 个别患者可能出现凝血功能方面的问题，像凝血酶原时间延长等，这可能与药物对维生素K的代谢产生影响有关，不过发生概率也比较低。
肝脏和肾脏相关副作用
肝功能异常： 用药后可能会有少数患者出现肝功能指标的变化，如转氨酶升高等，发生率约在1%以下。一般在停药后可能会逐渐恢复，但需要密切监测肝功能情况。肾脏影响： 通常情况下，头孢哌酮钠舒巴坦钠对肾脏的直接影响相对较小，但也有极个别患者可能出现肾功能轻微改变，不过这种情况非常罕见。
过敏反应相关副作用
皮肤过敏表现： 可能出现皮疹，发生率大约在1% - 2%左右，表现为皮肤出现红色斑丘疹等。严重过敏情况： 少数人可能发生较为严重的过敏反应，如过敏性休克，不过这种情况极为罕见，发生率低于0.1%。一旦出现呼吸困难、面色苍白、血压下降等疑似过敏休克的表现，需立即停药并进行抢救。