HPV疫苗的接种次数因疫苗类型而异。二价HPV疫苗通常需要接种3次，分别在第0、1、6个月接种；四价HPV疫苗也是接种3次，接种时间为第0、2、6个月；九价HPV疫苗同样是接种3次，接种时间为第0、2、6个月。
二价HPV疫苗的接种情况
接种程序： 二价HPV疫苗推荐于0、1、6月各接种一剂次。第1剂与第2剂的接种间隔至少为1个月，第2剂与第3剂的接种间隔至少为3个月，所有3剂应在1年内完成。适用人群： 主要针对9~45岁女性，能预防HPV16和HPV18型病毒感染。
四价HPV疫苗的接种情况
接种程序： 四价HPV疫苗的接种时间也是0、2、6月各接种一剂次。第1剂与第2剂的接种间隔建议不少于2个月，第2剂与第3剂的接种间隔建议不少于3个月，确保在1年内完成3剂接种。适用人群： 适用于20~45岁女性，可预防HPV6、11、16、18型病毒感染，除了预防宫颈癌，还能预防由HPV6和HPV11引起的生殖器疣。
九价HPV疫苗的接种情况
接种程序： 九价HPV疫苗同样是0、2、6月各接种一剂次。第1剂与第2剂的接种间隔建议不小于1个月，第2剂与第3剂的接种间隔建议不小于3个月，保证3剂在1年内完成接种。适用人群： 适合16~26岁女性，能够预防更多型别HPV病毒的感染，包括HPV6、11、16、18、31、33、45、52、58型，预防宫颈癌的效力更高，还能预防更多种类的生殖器疣。需要注意的是，接种HPV疫苗前无需常规检测是否感染HPV，但如果已经感染某型别HPV，接种疫苗仍可预防其他型别HPV的感染。另外，处于经期、孕期的女性可以接种HPV疫苗，但孕期不建议接种，需待孕期结束后再继续完成接种程序。