脑炎是脑实质受病原体侵袭导致的炎症性病变，引起脑炎的原因有多种。比如病毒性脑炎中，单纯疱疹病毒性脑炎约占病毒性脑炎的10% - 20%，是较常见的病毒性脑炎类型。
病毒感染引起
肠道病毒： 柯萨奇病毒、埃可病毒等肠道病毒是引发脑炎的常见病原体之一，可通过消化道传播，儿童相对更易感染这类病毒引发脑炎。疱疹病毒： 除了单纯疱疹病毒外，水痘 - 带状疱疹病毒也可能引发脑炎，在水痘发病过程中或水痘痊愈后，都有可能出现神经系统并发症，导致脑炎发生。
细菌感染导致
肺炎链球菌： 肺炎链球菌可通过血行播散等途径侵犯脑膜，引发化脓性脑炎，尤其是在儿童和老年人中较为常见，当人体免疫力下降时，更容易受到肺炎链球菌的侵袭而发病。脑膜炎双球菌： 是流行性脑脊髓膜炎的主要致病菌，可引起化脓性脑炎，多在冬春季节高发，通过飞沫传播，人群普遍易感，儿童感染风险相对较高。
真菌感染引发
新型隐球菌： 新型隐球菌感染引起的隐球菌性脑炎较为常见，多发生在免疫功能低下的人群中，如艾滋病患者等，该菌可存在于土壤、鸽粪等环境中，通过呼吸道吸入后，可能侵犯中枢神经系统引发脑炎。白色念珠菌： 在机体免疫力极度低下时，白色念珠菌也可能侵袭中枢神经系统，导致脑炎，但相对新型隐球菌引发的脑炎来说，发病率较低一些。
其他因素影响
自身免疫性因素： 自身免疫性脑炎是由于自身免疫系统错误地攻击脑组织导致的炎症，例如抗N - 甲基 - D - 天冬氨酸受体（NMDAR）脑炎，多发生于青少年和儿童，女性相对多见，可能与某些肿瘤（如卵巢畸胎瘤等）相关，肿瘤组织表达的抗原与神经系统抗原相似，引发自身免疫反应攻击脑组织。寄生虫感染： 某些寄生虫也可引起脑炎，如脑型疟疾是由疟原虫感染引起，多见于疟疾流行地区，疟原虫随血液循环到达脑部，导致脑组织炎症病变；广州管圆线虫感染也可能引发嗜酸性粒细胞增多性脑膜脑炎，多因食用未煮熟的受感染的螺类等食物而感染。