尖锐湿疣的治疗效果与治疗目的密切相关。若以实现临床治愈，即去除疣体、缓解症状为目标，相对容易治疗；但若是以彻底治愈，即清除HPV病毒、根治尖锐湿疣为目的，则较为困难。
一、临床治愈：
1.若仅将消除疣体和症状当作治疗目的，通常比较容易实现。临床上存在多种治疗手段，可依据医嘱联合应用以提升疗效。
可采用如激光、微波、电灼烧、光动力疗法等物理方式来去除疣体。
还能运用局部药物治疗，包括咪喹莫特乳膏、重组人干扰素α2b凝胶、酞丁安搽剂等。
对于体积较大的疣体，也能通过外科手术等方法予以去除。
2.疣体去除后，若能在6-9个月内不复发，即可视为临床治愈。
二、彻底治愈：
1.若想要完全清除HPV病毒以达到根治尖锐湿疣的目的，往往较为艰难。
当前并没有针对HPV病毒的特效药物，治疗药物多以局部用药为主。
也可通过系统用药与外用药物联合治疗，但这也仅仅是使病毒载量低于参考下限，而非彻底清除。
当人体免疫力下降时，病毒可能会再度增殖从而导致复发。
总之，尖锐湿疣的治疗难度因治疗目的而异，临床治愈相对容易达成，而彻底治愈则面临较大挑战。