宝宝指甲分层可能是由缺乏微量元素或灰指甲导致的。具体如下：
一、缺乏微量元素：如果宝宝摄入的食物较少，就可能引发微量元素缺乏。这主要会出现指甲分层、皮肤干燥、生长速度缓慢、食欲不佳等表现。此时可带宝宝到医院进行微量元素筛查，再依据筛查结果适当补充微量元素。
二、灰指甲：灰指甲即甲癣，一般由真菌感染引起且具有传染性。主要症状有指甲分层、指甲颜色变为灰白色、指甲浑浊、增厚、凹凸不平等。可服用伊曲康唑分散片进行治疗，同时配合外用酮康唑乳膏或克霉唑乳膏来辅助治疗。在患病期间要控制好宝宝，避免其抓挠其他部位皮肤，以防引起交叉感染。
总之，平时要让宝宝养成良好饮食习惯，不挑食以保持营养均衡，还要培养宝宝爱洗手的好习惯。