肛乳头肥大通常是由于肛管处的慢性炎症刺激引起的。比如长期的肛窦炎，炎症反复刺激肛乳头，使得肛乳头纤维结缔组织增生，一般病程可能会持续数月甚至更久。
炎症刺激因素
肛窦炎长期影响： 肛窦是肛瓣与肛柱之间的小隐窝，若发生肛窦炎，炎症会持续刺激肛乳头。大约有60% - 70%的肛乳头肥大患者都有肛窦炎病史，炎症反复发作，就会促使肛乳头不断增生肥大。直肠炎波及： 直肠发生炎症时，炎症也可能蔓延至肛管部位，进而影响到肛乳头。如果直肠炎病程超过3个月，就更容易引发肛乳头肥大的情况。
肛管损伤因素
排便损伤： 长期便秘的人，排便时干硬的粪便容易擦伤肛管，尤其是肛乳头部位。据统计，有便秘病史的人群中，肛乳头肥大的发生率比无便秘人群高约40%。反复的粪便擦伤会刺激肛乳头，导致其纤维组织增生。器械检查损伤： 进行肛门直肠镜检查等操作时，如果器械使用不当，可能会损伤肛乳头。比如检查时过于粗暴，就可能造成肛乳头的局部损伤，引发炎症反应，进而导致肛乳头肥大。
先天发育因素
胚胎时期发育异常： 在胚胎发育过程中，肛管部位的组织如果出现先天发育异常，也可能导致肛乳头肥大。有研究发现，部分先天性肛管结构异常的婴儿，在成长过程中更容易出现肛乳头肥大的情况，但这种情况相对较少见，占比大约在5% - 10%左右。遗传因素影响： 虽然遗传因素导致肛乳头肥大的具体机制还不十分明确，但有一定的家族聚集性。如果家族中有亲属曾患有肛乳头肥大，那么个体患病的风险可能会相对增加。