做胃肠镜一般对身体危害较小，但也存在一定风险。正规操作下，严重并发症发生率低于1%。
胃肠镜检查的常见风险
穿孔风险： 虽然发生概率低，约为0.01%~0.05%，但如果在检查过程中医生操作不熟练，可能会导致胃肠道穿孔。不过现在随着内镜技术的不断提高，这种严重并发症的发生几率已经大大降低。出血风险： 一般来说，活检等操作可能会引起少量出血，大约有0.1%~0.3%的概率出现较明显的出血情况，但大多可以通过内镜下治疗等方式解决。
检查前的准备注意事项
饮食准备： 检查前需要严格遵循饮食要求。比如做胃镜检查时，通常检查前6~8小时要禁食，检查前2小时要禁水，让胃排空，这样能保证检查视野清晰。做肠镜检查时，检查前1~2天要吃少渣饮食，像粥、面条等，检查前4~6小时要服用泻药进行肠道清洁，将肠道内的粪便排净，以便更好地观察肠道黏膜。心理准备： 很多人会对胃肠镜检查存在恐惧心理，其实现在有无痛胃肠镜检查，就是在麻醉状态下进行，能让患者在无意识、无痛苦的情况下完成检查，缓解紧张情绪。
检查后的恢复情况
胃镜检查后： 检查后可能会有咽部不适，一般1~2小时就能缓解。检查后1小时可以先喝少量温水，若无不适，逐渐过渡到软食。当天要避免驾驶等需要高度集中注意力的活动。肠镜检查后： 如果检查时进行了活检等操作，检查后要注意观察大便情况。若出现腹痛加剧、大便带血等情况要及时就医。一般检查后当天要吃清淡易消化的食物，如米汤、藕粉等，之后逐渐恢复正常饮食。总之，胃肠镜检查在医疗诊断中起着重要作用，虽然存在一定风险，但在正规操作和充分准备下，其益处远远大于可能出现的风险，大家不必过于恐惧，应根据医生建议合理进行胃肠镜检查。