腓骨长肌疼痛通常由多种原因引起。比如运动损伤较为常见，像在跑步、跳跃等运动中，突然的发力或不当姿势可能导致腓骨长肌拉伤，这种情况在运动爱好者中时有发生。
运动相关因素导致
运动过度： 如果长时间进行高强度的运动，比如连续多天进行长跑训练，腓骨长肌持续处于紧张收缩状态，就容易产生疲劳性疼痛。一般来说，运动后短时间内出现的肌肉酸痛，若持续不缓解且影响运动功能，就要考虑腓骨长肌可能有问题。姿势不当： 日常走路或运动时姿势不正确，例如长期内八走姿，会使腓骨长肌受力不均衡，长期下来也会引发疼痛。比如一些长期从事需要特定姿势工作的人群，像舞蹈演员长期单脚受力姿势不当，就容易出现腓骨长肌疼痛。
疾病因素导致
关节炎影响： 一些关节炎疾病，如类风湿关节炎，会累及下肢肌肉相关组织，可能引发腓骨长肌疼痛。类风湿关节炎多在30 - 50岁人群中发病，除了腓骨长肌疼痛外，还会有关节肿胀、僵硬等表现。神经病变： 坐骨神经病变等也可能导致腓骨长肌疼痛。当神经受到压迫或损伤时，会影响神经传导，从而引起所支配肌肉的疼痛。例如腰椎间盘突出症患者，突出的椎间盘可能压迫坐骨神经，进而导致腓骨长肌出现放射性疼痛。
其他因素导致
外伤撞击： 腿部受到外力撞击，比如被重物砸到或者意外碰撞，可能直接损伤腓骨长肌，引起疼痛。这种情况下，受伤部位往往有明显的红肿、淤血等表现。寒冷刺激： 长期处于寒冷环境中，腓骨长肌受到寒冷刺激后，血管收缩，血液循环不畅，也容易出现疼痛。比如在寒冷的户外长时间工作的人群，就比较容易因寒冷刺激导致腓骨长肌疼痛。