甲状腺结节的治疗方法需根据结节性质等因素决定。一般来说，约5% - 15%的甲状腺结节为恶性，恶性结节多需手术治疗；良性结节又有不同处理方式。
手术治疗
对于恶性甲状腺结节： 若确诊为甲状腺癌等恶性结节，通常需要手术切除。手术方式有甲状腺叶切术等，具体手术方案会根据结节大小、是否转移等情况确定。例如，对于一些较小的甲状腺乳头状癌，可能行单侧甲状腺叶切除加峡部切除。对于部分良性结节： 当良性甲状腺结节较大，产生压迫症状（如压迫气管出现呼吸困难，压迫食管出现吞咽困难）时，也需要手术切除。比如结节直径大于4厘米且有压迫症状的良性结节。
药物治疗
甲状腺激素抑制治疗： 对于部分良性甲状腺结节，尤其是与甲状腺肿伴甲状腺功能减退有关的结节，可使用甲状腺激素抑制治疗。但需要定期监测甲状腺功能，一般每3 - 6个月复查一次，根据甲状腺功能调整药物剂量。不过，该治疗有一定风险，长期大剂量使用可能导致骨质疏松等问题。针对甲亢相关结节： 如果甲状腺结节合并甲亢，可使用抗甲状腺药物，如甲巯咪唑等。但抗甲状腺药物治疗疗程较长，一般需要1 - 2年，且停药后有复发可能，治疗期间需定期检查血常规和肝功能，因为部分患者可能出现白细胞减少、肝功能损害等不良反应。
定期观察
良性且无明显症状结节： 对于大部分良性甲状腺结节，若结节较小（直径小于1厘米），且没有压迫症状，也没有恶性征象，可定期观察。一般建议每6 - 12个月进行一次甲状腺超声检查，观察结节大小、形态等变化。例如，甲状腺良性结节且无任何不适，超声下结节边界清晰、形态规则，可先定期随访。部分高风险良性结节： 虽然大部分良性结节定期观察，但如果结节在随访过程中出现体积明显增大（6 - 12个月内体积增大超过50%）、结节形态变得不规则、出现微小钙化等可疑恶性表现时，就需要进一步处理，可能从定期观察转为手术等其他治疗方式。