病毒性结膜炎通常可通过一般治疗、药物治疗等方式处理。一般来说，病毒性结膜炎具有一定自限性，病程大约1-2周。
一般治疗方面
隔离与休息： 患者需注意隔离，避免传染给他人。同时要保证充足的休息，让身体有足够的能量来对抗病毒。比如患病期间尽量减少外出，在家多休息。眼部清洁： 可以用生理盐水冲洗结膜囊，一般每天可冲洗1-2次，能清除眼部分泌物，减轻不适症状。但冲洗时要注意动作轻柔，避免损伤角膜。
药物治疗方面
抗病毒药物： 常用的有阿昔洛韦滴眼液，它能抑制病毒DNA合成，从而发挥抗病毒作用。一般白天每1-2小时滴1次，每次1-2滴。更昔洛韦眼用凝胶也是常用药物，睡前使用，能在眼部保持较长时间的药物浓度。对症治疗药物： 如果患者眼部有明显的疼痛，可使用非甾体类抗炎药，如普拉洛芬滴眼液，能减轻炎症反应和疼痛。但要注意，儿童使用这类药物需谨慎，最好在医生指导下使用。如果患者眼部分泌物较多，除了生理盐水冲洗外，还可短期使用糖皮质激素滴眼液，如氟米龙滴眼液，但使用时间不宜过长，一般不超过2周，且需密切观察眼压变化，因为长期使用可能会导致眼压升高。
特殊人群注意事项
儿童患者： 儿童患病毒性结膜炎时，使用药物需格外谨慎。比如阿昔洛韦滴眼液，儿童使用时要在医生指导下调整剂量。一般不建议自行给儿童使用一些成人用的眼药水，以免出现不良反应。而且儿童患病期间，家长要更注意眼部的护理，按照医生要求按时给孩子用药和清洁眼部。孕妇患者： 孕妇患病毒性结膜炎时，选择药物要非常小心。很多抗病毒药物可能会对胎儿产生影响，所以孕妇需在医生的评估下选择相对安全的治疗方法。一般会尽量避免使用全身抗病毒药物，局部用药也会选择相对安全的药物，并密切监测孕妇和胎儿的情况。