牙周炎治疗中常用的药物主要有抗生素类、抗炎类等。一般来说，甲硝唑等抗生素药物对牙周炎有一定疗效，但具体用药需根据病情由医生决定。
抗生素类药物
甲硝唑： 它是常用的抗厌氧菌药物，能抑制牙周炎相关厌氧菌的生长繁殖，对牙周炎引发的牙龈红肿、疼痛等症状有一定缓解作用。不过，孕妇及哺乳期女性禁用，且服用期间不能饮酒。阿莫西林： 属于广谱青霉素类抗生素，可用于治疗由敏感菌引起的牙周炎症。但对青霉素过敏者不能使用，使用前需做青霉素皮试。
抗炎类药物
布洛芬： 具有解热、镇痛、抗炎作用，能缓解牙周炎导致的疼痛和炎症。一般成人每次服用0.3 - 0.6克，每4 - 6小时可重复用药，24小时内不超过2.4克，但有消化道溃疡病史者要慎用。双氯芬酸钠缓释片： 抗炎镇痛效果较好，能减轻牙周炎引起的肿胀、疼痛。通常每次服用75毫克，一天一次，不过有严重肝肾功能不全者以及对本药过敏者禁用。
局部用药
米诺环素凝胶： 是局部用的抗生素凝胶，直接涂抹在牙周袋内，能持续释放药物，抑制细菌生长，对牙周炎有较好的局部治疗效果。使用时需由医生操作将凝胶注入牙周袋内。碘甘油： 有杀菌、收敛、消炎的作用，可用于牙周袋的局部涂抹，能减轻牙龈的炎症、红肿，缓解疼痛。但对碘过敏者不能使用，使用时不要接触眼睛。