深海鱼油具有一定保健作用，但并非所有人都适合服用。一般来说，对鱼类或海鲜过敏的人不能吃深海鱼油，因为可能会引发过敏反应，出现皮疹、瘙痒、呼吸困难等症状。
出血性疾病患者：
有出血风险者需谨慎： 深海鱼油具有一定的抗凝血作用，对于患有出血性疾病，如血友病患者，或者正在服用抗凝血药物（如华法林等）的人来说，食用深海鱼油可能会增加出血的风险，导致出血难以止住，加重病情。接受手术者： 在手术前两周左右，也应该避免服用深海鱼油，因为它可能会干扰正常的凝血功能，影响手术中的止血和术后的恢复，增加手术出血的可能性。
正在服用特定药物者：
与降血脂药同服需留意： 正在服用降血脂药物（如他汀类药物）的人，如果同时食用深海鱼油，需要密切关注身体状况。虽然目前还没有明确表明两者一定会产生严重不良反应，但有研究提示可能会增加肌肉损伤等风险的发生几率，所以最好在医生的指导下权衡利弊后再决定是否食用。与抗血小板药物同用要注意： 比如正在服用阿司匹林等抗血小板药物的人，深海鱼油的抗凝血作用可能会增强抗血小板药物的效果，导致出血倾向增加，因此这类人群在食用深海鱼油前应咨询医生意见。
肝肾功能严重不全者：
肝脏疾病患者： 肝脏是人体代谢的重要器官，肝肾功能严重不全的人，其身体的代谢和排泄功能已经受到严重影响，深海鱼油需要经过肝脏和肾脏进行代谢和排泄，肝肾功能严重不全者食用深海鱼油可能会进一步加重肝肾功能的负担，不利于病情的控制，甚至可能导致病情恶化。肾脏疾病患者： 肾脏功能不好时，身体对物质的排泄能力下降，深海鱼油中的成分可能无法正常代谢排出，在体内蓄积，对身体造成不良影响。所以这类人群一般不建议随意食用深海鱼油，需要根据具体的肝肾功能情况由医生评估后再确定是否可以食用。