慢性咽炎通常是由多种因素引发的，比如局部因素中，急性咽炎反复发作就容易迁延成慢性咽炎，大约有50%的急性咽炎患者若未彻底治愈，就可能发展为慢性咽炎；另外，鼻腔、鼻窦的炎症分泌物倒流至咽部，刺激咽部黏膜，也会引发慢性咽炎，这类情况在临床上较为常见。
局部因素相关
咽部邻近器官病变： 除了鼻腔、鼻窦炎症分泌物倒流，像慢性扁桃体炎、牙龈炎等咽部邻近器官的慢性炎症，长期刺激咽部，也会导致慢性咽炎。比如慢性扁桃体炎患者，扁桃体反复发炎，炎症蔓延至咽部，就容易引发咽部的慢性炎症反应。不良环境刺激： 长期处于粉尘、化学气体污染的环境中，咽部黏膜容易受到损伤，从而引发慢性咽炎。例如在一些工厂工作，长期接触粉尘的工人，患慢性咽炎的几率就比常人高。另外，长期吸烟、饮酒，烟草中的尼古丁、焦油以及酒精等刺激咽部，也会促使慢性咽炎的发生。
全身因素相关
过敏因素： 过敏性体质的人，接触过敏原后，如花粉、尘螨等，可能会引发咽部的过敏反应，进而导致慢性咽炎。有数据显示，约10% - 15%的慢性咽炎患者与过敏因素有关。呼吸道慢性炎症： 像慢性支气管炎、支气管扩张等呼吸道慢性炎症，其炎症分泌物长期刺激咽部，也是引发慢性咽炎的原因之一。例如慢性支气管炎患者，由于咳嗽咳痰，痰液刺激咽部，时间长了就容易出现咽部的慢性炎症。消化系统疾病： 患有胃食管反流病时，胃酸反流至咽部，刺激咽部黏膜，可引起慢性咽炎。据统计，约有40%的慢性咽炎患者存在胃食管反流的情况。此外，贫血、消化不良、心血管疾病等全身慢性疾病，也可能通过影响机体的免疫功能等途径，间接引发慢性咽炎。