生化妊娠通常是精卵结合后，受精卵未成功着床，血或尿 hCG 能测出，但很快下降，超声看不到孕囊；自然流产是妊娠 28 周前终止，胚胎已着床发育后又流失，能看到阴道流血、腹痛，超声可见孕囊等。
血 hCG 变化情况
生化妊娠时血 hCG 可测出，但上升后很快下降，一般小于 2000IU/L；自然流产时血 hCG 先上升后下降，下降幅度相对生化妊娠有不同表现，且可能有一定规律变化。
超声表现不同
生化妊娠时超声检查宫腔内无孕囊；自然流产时超声可发现宫腔内有孕囊、胚胎组织等，随着流产进展，宫腔内会有相应改变。
阴道流血特征
生化妊娠阴道流血量类似月经或稍多；自然流产阴道流血量因流产阶段不同而异，早期可能少量，进展后可能增多，还可能伴有血块等。
发生时间差异
生化妊娠多发生在停经 35 天内；自然流产发生时间相对宽泛，可在停经后较长时间出现流产相关表现。对于有备孕或怀孕相关情况的人群，若出现类似情况应及时就医检查，以便准确判断是生化妊娠还是自然流产，特殊人群如本身有基础疾病等更要重视及时诊疗。