每天早起肚子疼可能由多种原因引起。比如，患有肠道易激综合征的人，约有20% - 30%会出现晨起腹痛的情况。
胃肠道疾病因素
慢性胃炎： 胃黏膜长期受到炎症刺激，清晨时胃酸分泌相对增多，可能刺激胃黏膜引发疼痛，患者还可能伴有反酸、烧心等症状。胃溃疡： 溃疡部位在清晨时胃酸刺激创面，容易导致疼痛发作，疼痛多呈规律性，一般在进食后缓解，空腹时加重。
腹部受凉因素
夜间保暖不当： 如果夜间睡眠时腹部没有盖好被子，腹部着凉后，胃肠道平滑肌受冷刺激发生痉挛，就会导致早起肚子疼。尤其是体质较弱的人群，更容易出现这种情况。一般腹部保暖后，症状会有所缓解。
饮食因素
前晚饮食不当： 前一天晚上进食过多辛辣、油腻的食物，或者进食了不易消化的食物，如大量油炸食品等，胃肠道需要较长时间消化，清晨时可能仍处于消化负担较重的状态，从而引起肚子疼。例如，前一晚吃了很多炸鸡、汉堡等，早起就可能出现腹部不适。
肠道寄生虫感染因素
蛔虫感染： 肠道内如果有蛔虫寄生，蛔虫在夜间活动相对频繁，可能会刺激肠道，导致晨起时肚子疼，同时可能伴有消瘦、食欲不振等表现。不过现在这种情况相对较少见，但在卫生条件较差的地区仍有可能发生。