眼肌麻痹的治疗方法需根据病因来定。如果是糖尿病性眼肌麻痹，部分患者在控制血糖等基础治疗后，3 - 6个月内可能逐渐恢复。对于颅内动脉瘤压迫导致的眼肌麻痹，可能需要通过手术等方式处理动脉瘤来改善症状。
病因明确型的治疗
颅内病变相关眼肌麻痹：
肿瘤压迫引起： 如果是颅内肿瘤压迫神经导致眼肌麻痹，需要根据肿瘤的性质、位置等采取相应治疗。若是良性肿瘤，可能通过手术切除肿瘤来解除对眼肌神经的压迫，一般手术风险与肿瘤大小、部位有关，但多数患者在术后眼肌麻痹情况会有所改善。动脉瘤导致： 对于动脉瘤压迫引发的眼肌麻痹，通常需要进行血管内介入治疗或开颅手术夹闭动脉瘤，以消除动脉瘤对眼肌神经的压迫，一般这类手术有一定的成功率，但也存在一定风险，如出血等并发症风险约在5% - 10%左右。
外伤导致的眼肌麻痹：
轻微外伤： 如果是眼部或头部轻微外伤引起的眼肌麻痹，可先进行保守治疗，如使用神经营养药物，像维生素B1、维生素B12等，一般连续使用1 - 3个月观察恢复情况。严重外伤： 若外伤较严重，可能需要通过手术修复受损的眼肌或神经，手术时机很重要，一般在受伤后尽早评估，若符合手术指征应尽快手术，否则可能影响恢复效果。
非特异性眼肌麻痹治疗
药物辅助治疗：
神经营养药物： 除了维生素B1、B12外，还可以使用甲钴胺等神经营养药物，甲钴胺能促进神经髓鞘的合成等，一般每天可服用一定剂量，但具体使用需遵医嘱，它可以帮助受损的眼肌神经修复，通常连续服用数周甚至数月。糖皮质激素： 在某些炎症性因素导致的非特异性眼肌麻痹中，可能会使用糖皮质激素，如泼尼松等，但使用时要注意其副作用，像长期使用可能会引起骨质疏松、血糖升高等，一般根据病情决定使用剂量和疗程，起始剂量可能为每天1mg/kg左右，然后逐渐减量。
康复治疗：
眼肌训练： 可以进行眼肌的康复训练，比如通过眼球运动训练仪进行训练，每天训练3 - 4次，每次15 - 20分钟，通过有规律的眼球向各个方向的运动训练，帮助恢复眼肌的功能。物理治疗： 还可以配合物理治疗，如热敷，每天可热敷2 - 3次，每次15 - 20分钟，促进眼部血液循环，辅助眼肌麻痹的恢复。