小阴唇内侧长疙瘩还疼可能由以下因素导致：
一、毛囊炎：
1.若平时不注重卫生，且身体抵抗力下降，就可能引发毛囊感染，进而出现毛囊炎，致使局部有红肿、疼痛等表现。
2.可使用碘伏进行外擦消毒，同时在医生指导下外用红霉素软膏。
二、疖子：
1.当饮食不合理，比如经常食用辣椒、火锅等辛辣刺激食物时，可能引起上火，导致小阴唇内侧长出疖子。
2.若长疖子，建议遵医嘱适当服用牛黄解毒丸，同时要保持饮食清淡。
三、皮脂腺发炎：
1.若小阴唇局部皮脂腺分泌过于旺盛，使得皮脂腺腺体堵塞，可能会引发皮脂腺囊肿。
2.若不注意卫生，就可能导致皮脂腺发炎，容易出现局部长疙瘩且伴有疼痛等情况。
3.建议遵医嘱适当服用头孢拉定、阿奇霉素等抗生素，等炎症消除后需通过手术进行治疗。
四、生殖器疱疹：
1.若有不洁性生活，可能会诱发生殖器疱疹，导致小阴唇内侧长疙瘩，并伴有疼痛等不适症状。
2.建议遵医嘱外用阿昔洛韦、更昔洛韦等抗病毒药物进行治疗。
总结概况提示：当小阴唇内侧长疙瘩且疼时，可能涉及多种情况，如毛囊炎、疖子、皮脂腺发炎、生殖器疱疹等，应根据具体表现及可能的病因，采取相应的治疗措施，必要时应及时就医诊断和治疗。