性功能障碍的药物治疗需根据具体类型选择，比如治疗男性勃起功能障碍的常用药物有西地那非等，一般这类药物能在性生活前特定时间服用发挥作用。
口服PDE5抑制剂类药物
西地那非： 这是一种5型磷酸二酯酶（PDE5）抑制剂，可通过松弛阴茎海绵体平滑肌，增加阴茎海绵体血流，从而起到改善勃起功能的作用。一般在性生活前约1小时服用，但需注意，服用硝酸酯类药物的患者禁止使用。他达拉非： 同样属于PDE5抑制剂，作用时间相对较长，有些剂型可以维持36小时左右，服用时间相对灵活，性生活前0.5 - 2小时服用均可，不过正在服用硝酸盐类药物的患者也不能使用他达拉非。
雄激素替代治疗相关药物
十一酸睾酮胶丸： 对于因雄激素缺乏导致的性功能障碍有一定治疗作用。但如果是前列腺癌患者或怀疑前列腺癌的患者则禁用，同时在用药过程中需要定期监测前列腺特异性抗原（PSA）等指标。
中药相关药物
复方玄驹胶囊： 由玄驹、淫羊藿、枸杞子、蛇床子等中药组成，具有温肾、壮阳、益精的功效，可用于改善肾阳虚引起的性功能障碍，比如腰膝酸软、神疲乏力、性欲低下等症状，但阴虚火旺者慎服。还少胶囊： 能温肾补脾，养血益精，对于脾肾虚损、腰膝酸痛、阳痿遗精等性功能障碍相关问题有一定改善作用，不过感冒发热病人不宜服用。需要注意的是，性功能障碍的药物治疗应在医生的严格评估和指导下进行，因为引起性功能障碍的原因较多，不同病因需要不同的治疗方案，而且药物都有一定的适应证和禁忌证，自行用药可能会带来不良后果。同时，除了药物治疗外，一些生活方式的调整，如适度运动、保持良好的心态、合理饮食等也有助于改善性功能状况。