小腹隐隐作痛可能由多种原因引起。比如女性妇科方面的问题，像盆腔炎就比较常见，盆腔炎患者可能会有小腹隐痛，还可能伴有白带增多等情况；男性的话，前列腺炎也可能导致小腹隐隐作痛。另外，肠道方面的问题也会引发小腹隐痛，比如肠易激综合征，患者除了小腹隐痛外，还可能出现腹泻或便秘的情况。
妇科相关原因
盆腔炎： 盆腔炎是女性上生殖道感染引起的一组疾病，包括子宫内膜炎、输卵管炎等。一般来说，性生活活跃的女性更容易患盆腔炎，炎症刺激会导致小腹隐隐作痛，还可能伴有发热等症状。如果是慢性盆腔炎，疼痛可能会持续较长时间。子宫内膜异位症： 子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位时称为子宫内膜异位症，常见于盆腔。患者会有小腹隐痛，尤其在月经期间疼痛可能会加重，还可能影响生育，导致不孕。
肠道相关原因
肠易激综合征： 这是一种常见的功能性肠病，病因尚不明确，可能与胃肠动力异常、内脏高敏感性等有关。患者的小腹会隐隐作痛，同时伴有排便习惯的改变，比如有的患者会腹泻，有的则会便秘，而且症状会在排便后有所缓解。肠炎： 肠炎分为感染性肠炎和非感染性肠炎。感染性肠炎多由细菌、病毒等感染引起，比如细菌性痢疾，患者除了小腹隐痛外，还可能有腹泻、黏液脓血便等症状；非感染性肠炎如溃疡性结肠炎，病情容易反复发作，小腹会长期隐隐作痛，还可能出现便血等情况。
泌尿系统相关原因
膀胱炎： 膀胱炎是膀胱黏膜发生的炎症，主要由细菌感染引起。女性由于尿道短而直，更容易患膀胱炎。患者会有小腹隐痛，同时伴有尿频、尿急、尿痛等症状，排尿时尿道有灼热感。输尿管结石： 输尿管结石是由于肾脏结石下降到输尿管所致。患者会出现小腹隐痛，疼痛比较剧烈，还可能伴有血尿，疼痛会向会阴部放射，有的患者还会出现恶心、呕吐等症状。