阿莫西林和青霉素都属于β-内酰胺类抗生素，但它们有诸多区别。首先，阿莫西林是半合成的青霉素类药物，口服吸收好，约75% - 90%可经胃肠道吸收。而青霉素G口服易被胃酸破坏，一般需注射给药。
化学结构方面
青霉素G： 是天然的青霉素，化学结构相对简单，由母核6 - 氨基青霉烷酸（6 - APA）和侧链组成，侧链为苯乙酰基。阿莫西林： 是半合成的广谱青霉素，化学结构在青霉素G的基础上进行了改造，其侧链为对羟基苯甘氨酸，这一结构改变使其对酸的稳定性比青霉素G有所提高，口服吸收更好。
抗菌谱方面
青霉素G： 主要对大多数革兰阳性球菌（如溶血性链球菌、肺炎链球菌等）、革兰阳性杆菌（如白喉杆菌、炭疽杆菌等）、革兰阴性球菌（如脑膜炎奈瑟菌等）有较强的抗菌活性，对螺旋体（如梅毒螺旋体）也有很好的作用，但对革兰阴性杆菌作用较弱。阿莫西林： 抗菌谱比青霉素G更广泛，除了对上述部分革兰阳性菌有作用外，对部分革兰阴性菌（如流感嗜血杆菌、大肠埃希菌、奇异变形杆菌等）也有较好的抗菌活性，可用于治疗呼吸道感染、尿路感染、皮肤软组织感染等多种感染性疾病。
临床应用方面
青霉素G： 常用于治疗敏感的革兰阳性菌引起的感染，如链球菌引起的扁桃体炎、猩红热等，以及梅毒、回归热等螺旋体感染。但由于其口服易被破坏，现在多采用注射给药。阿莫西林： 由于口服吸收好，常用于治疗呼吸道感染，比如肺炎、支气管炎等；还可用于治疗泌尿系统感染，像膀胱炎、尿道炎等；以及皮肤软组织的轻度感染等。不过，使用前都需要进行青霉素皮试，阳性者禁用。