长期服用短效避孕药可能会带来一些副作用。一般来说，部分人可能会出现类早孕反应，比如服药初期约10%的人会有恶心、呕吐、头晕等类似怀孕早期的症状，通常持续1-3个月会逐渐减轻或消失。
月经方面的影响
经期改变： 约1/3的人可能出现经期缩短、经量减少，一般无需特殊处理，但如果经量过少且持续3个月以上，需就医评估。还有少数人会出现突破性出血，表现为点滴出血或月经量增多，出血量较多时可在医生指导下适当加服雌激素。经期不适： 个别人可能在服药后出现经期乳房胀痛，一般程度较轻，不影响日常生活，若胀痛明显可通过热敷等方式缓解。
对代谢的影响
体重变化： 约20%的人可能出现体重增加，这与药物中雌激素导致水钠潴留以及孕激素影响代谢有关，但并非所有人都会出现，且增加幅度通常不大，一般在5%以内。还有少数人可能出现血脂变化，如甘油三酯轻度升高，不过这种情况相对较少见，服药期间可定期检测血脂。糖代谢影响： 极少数有糖尿病家族史或本身糖代谢异常的人，长期服用短效避孕药可能会对糖代谢有一定影响，导致糖耐量轻度下降，所以这类人群服用时需密切监测血糖。
其他可能的副作用
情绪变化： 部分人可能出现情绪波动，如抑郁、焦虑等，但发生率较低，约为5%左右，若情绪改变明显且持续不缓解，应及时寻求心理医生帮助。皮肤问题： 个别人可能出现皮肤变差，比如长痤疮，这与药物中雌激素刺激皮脂腺分泌有关，一般停药后多可恢复，但严重时可在医生指导下使用外用药物改善。