泌尿系感染常用的药物有喹诺酮类、头孢菌素类等。一般来说，对于单纯性下尿路感染，常用药物3天疗法即可有较好疗效。
喹诺酮类药物
诺氟沙星：属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。但18岁以下青少年禁用，因为可能影响软骨发育。左氧氟沙星：也是喹诺酮类，抗菌谱广，对泌尿系统常见致病菌有效。不过同样注意18岁以下人群不建议使用，孕妇及哺乳期女性也需谨慎。
头孢菌素类药物
头孢克洛：是第二代头孢菌素，对革兰阳性菌和部分革兰阴性菌有抗菌活性。对于轻中度泌尿系感染可选用，常见的不良反应有胃肠道反应，如恶心、呕吐等，过敏体质者需慎用。头孢呋辛酯：第二代头孢菌素类抗生素，通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用。使用时要注意询问患者过敏史，有青霉素过敏史者需谨慎使用。
其他抗菌药物
磷霉素氨丁三醇：口服后在肠道吸收并转化为活性成分磷霉素，抑制细菌细胞壁合成。单次口服即可，对于单纯性下尿路感染有一定疗效，不良反应较少，但是严重肾功能不全者需慎用。呋喃妥因：主要用于治疗大肠埃希菌、肠球菌属等敏感菌引起的下尿路感染，也可用于预防反复发作的尿路感染。不过新生儿、足月孕妇、肾功能减退者禁用，常见不良反应有胃肠道不适等。