孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，女性黄体功能不全是常见原因之一，比如黄体的分泌功能不足，会导致孕酮合成减少。另外，内分泌系统出现紊乱也可能引发孕酮低，像甲状腺功能异常等情况，就可能影响到孕酮的分泌水平。
黄体相关因素：
黄体功能不全： 女性体内黄体是分泌孕酮的重要结构，如果黄体本身发育不良，其分泌孕酮的能力就会下降。正常情况下，黄体期一般是排卵后到月经来潮前的这段时间，要是黄体功能不全，在这个阶段孕酮的分泌量就会比正常情况少。黄体期异常： 比如黄体期缩短，正常黄体期应该有一定的时长，若黄体期明显缩短，也会导致孕酮分泌不足。
内分泌系统因素：
甲状腺功能异常： 甲状腺是重要的内分泌器官，当甲状腺功能出现亢进或者减退时，都会影响到激素的平衡，进而可能影响孕酮的分泌。例如甲状腺功能减退时，身体的代谢等一系列功能受到影响，就可能导致孕酮水平降低。其他内分泌腺体问题： 像肾上腺等内分泌腺体出现功能异常，也可能间接影响到孕酮的分泌，因为内分泌系统是一个复杂的整体，各个腺体之间相互关联、相互影响。
疾病相关因素：
多囊卵巢综合征： 患有多囊卵巢综合征的女性，其内分泌和代谢都会出现紊乱，这种病症会影响卵巢的正常排卵和激素分泌，从而导致孕酮水平偏低。据相关统计，不少多囊卵巢综合征患者存在孕酮低的情况。其他妇科疾病： 一些妇科疾病，如子宫内膜异位症等，也可能干扰体内的激素平衡，使得孕酮分泌受到影响。子宫内膜异位症会改变子宫内的环境，进而影响到孕酮的正常产生。