甲状腺激素偏低通常与多种因素有关。比如自身免疫性疾病，像自身免疫性甲状腺炎，约有5%-10%的人群可能会逐渐出现甲状腺激素偏低的情况。
自身免疫性因素
自身免疫性甲状腺炎： 这是导致甲状腺激素偏低比较常见的原因。当自身免疫系统错误地攻击甲状腺组织时，甲状腺的正常功能就会受到影响，进而使得甲状腺激素分泌减少。例如慢性淋巴细胞性甲状腺炎，它会慢慢破坏甲状腺细胞，影响甲状腺激素的合成和释放。其他自身免疫病关联： 一些其他自身免疫性疾病也可能间接影响甲状腺功能导致激素偏低。比如1型糖尿病患者中，合并甲状腺激素偏低的比例相对较高，这可能是因为自身免疫机制在攻击胰腺胰岛细胞的同时，也对甲状腺有一定影响。
甲状腺手术或放射性碘治疗后
甲状腺手术： 如果因为甲状腺结节、甲亢等疾病进行了甲状腺部分或全部切除手术，那么剩余的甲状腺组织可能无法产生足够的甲状腺激素。一般来说，切除甲状腺组织越多，术后发生甲状腺激素偏低的风险越高。比如切除超过60%的甲状腺组织，就比较容易出现甲状腺功能减退，导致甲状腺激素偏低。放射性碘治疗： 用于治疗甲亢的放射性碘，在破坏甲状腺细胞治疗甲亢的过程中，也可能过度破坏甲状腺组织，使得甲状腺激素分泌不足。通常在放射性碘治疗后的几个月到几年内，可能会逐渐出现甲状腺激素偏低的情况。
碘摄入异常
碘摄入不足： 碘是合成甲状腺激素的重要原料，如果长期碘摄入不足，就会影响甲状腺激素的合成。比如一些山区缺碘地区的人群，患甲状腺功能减退导致甲状腺激素偏低的概率比沿海地区人群高。一般每天碘的适宜摄入量，成年人约为150微克，长期低于这个量就可能出问题。碘摄入过多： 虽然比较少见，但短时间内大量摄入碘也可能影响甲状腺功能。例如短期内服用含碘量高的药物或食物，可能会干扰甲状腺激素的正常合成与调节，导致甲状腺激素偏低。不过这种情况相对较少见。