胚胎停育后不一定会自动流出。部分胚胎停育后可能会在2~4周内自然排出，但也有相当一部分胚胎停育后并不能自动流出，需要通过医学干预来处理。
胚胎停育后能否自动流出的影响因素
胚胎停育时间长短的影响
如果胚胎停育时间较短，胚胎组织与子宫壁粘连不紧密，相对来说有一定自动流出的可能性。但如果胚胎停育时间较长，胚胎组织机化与子宫壁紧密粘连，就很难自动流出。一般胚胎停育超过2个月仍未排出，自动流出的几率就非常低了。
孕妇自身情况的影响
- 子宫收缩情况：孕妇自身子宫收缩力较强的话，可能有助于胚胎停育组织的排出，但如果子宫收缩力弱，就不利于胚胎停育组织的自动流出。比如一些身体素质较好、子宫收缩功能正常的年轻孕妇，相对来说胚胎停育后自动流出的可能性会比身体素质差、子宫收缩功能不佳的孕妇大一些。
- 个人体质差异：不同孕妇体质不同，有些孕妇体质偏虚弱，身体对胚胎停育组织排出的推动作用较弱，胚胎停育组织自动流出的难度就大；而体质较好的孕妇，相对更有可能促使胚胎停育组织自动流出。
胚胎停育未自动流出的应对措施
如果胚胎停育后没有自动流出，医生通常会根据具体情况采取相应措施。比如可以使用药物来促进子宫收缩，帮助胚胎停育组织排出；如果药物治疗效果不佳，可能需要进行清宫手术，将宫腔内的胚胎停育组织清除干净，以避免长时间残留引起宫腔感染等不良后果。
胚胎停育后需要注意的事项
胚胎停育后无论是否自动流出，都需要密切观察身体状况。要注意阴道出血情况，正常情况下阴道出血会逐渐减少并停止，如果阴道出血增多、伴有腹痛加重等异常情况，要及时就医。同时，要注意休息，加强营养，保持良好的心态，为身体的恢复创造良好条件。并且在下次怀孕前，最好进行详细的孕前检查，查找胚胎停育的原因，以避免再次发生胚胎停育的情况。