甲状腺结节一般没有特定的药物能直接消除结节，不过可根据具体情况用药。若甲状腺结节是因甲状腺功能亢进引起，可使用抗甲状腺药物，如甲巯咪唑，有研究显示约60% - 70%的患者通过规范使用甲巯咪唑等抗甲状腺药物治疗后，甲状腺功能能逐渐恢复正常，但药物治疗疗程较长，一般需要1 - 2年甚至更长时间。
甲状腺功能亢进相关药物
甲巯咪唑： 它能抑制甲状腺过氧化物酶，从而抑制甲状腺激素的合成。通常需要定期监测甲状腺功能，根据指标调整用药剂量。丙硫氧嘧啶： 也可抑制甲状腺激素合成，不过相对甲巯咪唑，其肝毒性可能稍高一些，使用时也需密切关注肝功能等指标。
甲状腺功能减退相关药物
左甲状腺素钠： 如果甲状腺结节伴随甲状腺功能减退，需要服用左甲状腺素钠片来补充甲状腺激素。一般需要终身服药，且要定期复查甲状腺功能，根据TSH等指标调整药物剂量，使甲状腺功能维持在正常范围。比如根据患者的年龄、体重等因素调整合适剂量，让甲状腺激素水平保持稳定。
炎症相关甲状腺结节药物
糖皮质激素： 若甲状腺结节是因亚急性甲状腺炎等炎症引起，在病情需要时可能会使用糖皮质激素，如泼尼松。但糖皮质激素有较多副作用，使用时需严格掌握适应症和剂量，一般短期使用，用药期间要密切监测血压、血糖等指标变化。比如亚急性甲状腺炎患者疼痛明显时，可能会短期应用泼尼松缓解症状，但不能长期大剂量使用。