眼睛结膜炎的治疗方法需根据病因来定。如果是细菌性结膜炎，可使用抗生素类眼药水，一般用药后数天内症状会有所改善。
一、细菌性结膜炎的治疗
局部用药： 常用的有左氧氟沙星滴眼液，它能抑制细菌DNA旋转酶，从而阻碍细菌DNA复制，起到杀菌作用。还可以使用妥布霉素滴眼液，对多种革兰氏阳性菌和阴性菌有抗菌活性。注意事项： 用药时要注意瓶口不要接触眼睛，避免污染药液。同时，不要用手揉眼睛，防止加重感染。
二、病毒性结膜炎的治疗
抗病毒药物： 阿昔洛韦滴眼液可用于治疗病毒性结膜炎，它能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制。缓解症状： 病毒性结膜炎患者可能会有眼部不适，如眼睛红肿、疼痛等，可以使用人工泪液来缓解，像玻璃酸钠滴眼液，能为眼睛补充水分，减轻干涩等不适。但人工泪液不能替代抗病毒药物治疗根本病因。
三、过敏性结膜炎的治疗
远离过敏原： 首先要找出过敏原并尽量避免接触，比如对花粉过敏的人，在花粉季节尽量减少外出，外出时佩戴遮光眼镜等。抗过敏药物： 色甘酸钠滴眼液是常用的抗过敏药物，它能稳定肥大细胞，阻止肥大细胞释放过敏介质，从而减轻过敏症状。还有富马酸依美斯汀滴眼液，也可有效缓解过敏性结膜炎引起的眼痒、红肿等症状。
四、其他类型结膜炎的注意事项
衣原体性结膜炎： 对于衣原体性结膜炎，可使用红霉素眼膏等药物。治疗期间要注意个人卫生，勤洗手，不与他人共用毛巾、手帕等物品，防止交叉感染。而且这类结膜炎的治疗可能需要持续一段时间，要按照医生的嘱咐按时用药，不要自行停药。