如果男性感染了HPV16，可通过如下方式治疗：一是使用药物，如在医生指导下使用异维A酸软胶囊、氟尿嘧啶注射液、咪喹莫特乳膏等；二是采用物理疗法，比如在医生帮助下通过二氧化碳激光、高频电刀治疗、微波治疗等缓解症状；三是进行手术，可在医生帮助下通过手术切除病灶。在日常生活中，要注意生殖器官保持干燥、卫生，要选择宽松透气的内裤，平时也可适当参加体育锻炼，还需定期到医院复查。
一、使用药物：
1.异维A酸软胶囊：这是一种用于治疗重度痤疮等皮肤疾病的药物，对于HPV16感染可能有一定的作用。
2.氟尿嘧啶注射液：具有抑制病毒增殖等功效，可用于应对HPV16感染。
3.咪喹莫特乳膏：可诱导局部免疫反应，有助于对抗HPV16。
二、物理疗法：
1.二氧化碳激光：利用激光能量来去除病变组织。
2.高频电刀治疗：通过高频电流切割和凝固病变部位。
3.微波治疗：以微波能量来达到治疗效果。
三、手术治疗：
通过手术直接切除感染病灶，以去除病变组织。
总之，男性感染HPV16后可采用多种方式治疗，同时要在生活中做好各方面的护理，并且要按照要求定期复查，以监测病情变化和恢复情况。