新生儿乳糖不耐受主要表现为消化系统相关症状。一般来说，新生儿乳糖不耐受时，约有 50%以上会出现腹泻症状，大便多为黄色或青绿色稀糊便，或呈蛋花汤样，泡沫多，有奶块。
胃肠道方面的症状
腹泻表现： 新生儿乳糖不耐受最常见的胃肠道症状就是腹泻，大便次数较多，一天可能有5 - 10次甚至更多。大便性状多为稀水样，可能还伴有奶瓣。比如有的新生儿乳糖不耐受时，大便稀稀拉拉，每次换尿布都能发现有较多稀便。腹胀情况： 还会出现腹胀现象，肚子看起来鼓鼓的。这是因为肠道内未消化的乳糖在肠道细菌作用下发酵产气，导致肠道积气，从而引起腹胀。
其他伴随症状
哭闹不安： 由于肚子不舒服，新生儿可能会频繁哭闹。因为肠道不适带来的疼痛或不适让新生儿难以用语言表达，只能通过哭闹来传达。比如在喂奶后不久就开始哭闹，怎么哄都不太能安抚下来。吐奶现象： 部分新生儿乳糖不耐受还可能出现吐奶情况。这是因为肠道功能受影响，消化吸收出现问题，进而影响到胃部的排空等功能，导致吐奶发生。
不同程度的表现差异
轻度乳糖不耐受： 可能只是大便次数比平常稍多，每天3 - 5次左右，大便性状稍微稀一点，腹胀、哭闹等情况相对不严重，对新生儿的生长发育影响较小。中度乳糖不耐受： 腹泻次数增多，一天可能5 - 8次，大便稀水样明显，腹胀比较明显，肚子鼓得较厉害，哭闹也比较频繁，吐奶情况可能也会出现。重度乳糖不耐受： 腹泻次数可达10次以上，大便稀水状严重，腹胀非常明显，新生儿哭闹剧烈，可能还会出现精神不佳、体重增长缓慢等情况，因为长期腹泻影响营养吸收。