食管造影检查一般来说痛苦程度较轻。通常检查时患者口服少量含钡剂的造影剂，过程中可能会有轻微的吞咽不适感，但大多人都能耐受，一般不会有明显的剧烈疼痛。
检查时的感受差异
不同个体感受： 对于大多数人而言，食管造影检查的不适感觉很轻微。部分人可能感觉在吞咽造影剂时有短暂的咽部异物感，但这种感觉很快就会消失。而对于一些咽喉较为敏感的人，可能会觉得吞咽时稍微有点不舒服，但也绝对不是难以忍受的疼痛。儿童的情况： 儿童在进行食管造影检查时，可能会因为对检查过程的不了解而有一定的紧张，但只要家长配合安抚，一般也能顺利完成检查。儿童感受到的不适主要也是吞咽造影剂时的轻微异样感，多数孩子都可以配合完成。
检查前的准备影响感受
空腹情况： 检查前需要空腹一段时间，一般要求检查前6 - 8小时禁食禁水。如果没有严格空腹，可能会影响造影效果，但一般不会直接增加检查的痛苦程度。不过空腹时间过长可能会让受检者有轻微的饥饿感，但这和检查本身带来的痛苦是不同的概念。心理因素： 心理紧张会放大不适感。如果受检者过于紧张焦虑，可能会觉得检查时的吞咽动作更难配合，感觉稍微有点不舒服。所以检查前保持放松的心态很重要，家属可以在旁边安抚，帮助受检者缓解紧张情绪。
与其他检查的对比
与胃镜检查对比： 食管造影检查相比胃镜检查痛苦程度低很多。胃镜检查需要将胃镜通过口腔插入食管和胃内，过程中可能会有明显的咽部不适、恶心等较强烈的反应。而食管造影主要是口服造影剂后通过X线成像，没有侵入性操作，所以痛苦程度远低于胃镜检查。与CT检查对比： CT检查一般不需要口服造影剂，虽然CT检查本身没有吞咽的不适，但CT检查通常需要长时间保持特定体位，而且辐射量相对食管造影稍高一些。但就检查时当下的主观痛苦感受来说，食管造影主要的不适就是吞咽时的轻微异样，比CT检查过程中的体验要轻。