灰指甲的治疗通常可以采用外用药物与口服药物等方法。一般来说，外用抗真菌药物如阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，连续使用几个月可能会有效果，但相对较慢。而口服抗真菌药物如伊曲康唑胶囊，需要冲击疗法，即连续服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它是一种局部外用的抗真菌药，能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁患甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上，每周使用1 - 2次。不过，其起效相对较慢，一般需要连续使用数月才能看到明显效果。环吡酮胺乳膏：该药物通过改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌细胞的代谢过程来发挥抗真菌作用。可直接涂抹在病甲及周围皮肤，每天使用1 - 2次。但对于较严重的灰指甲，单独使用外用药物效果可能不太理想。
口服药物治疗
伊曲康唑胶囊：它属于三唑类抗真菌药物，能抑制真菌细胞色素P450依赖酶，阻碍真菌细胞膜麦角固醇的合成，达到抗真菌效果。采用冲击疗法，即连续服用伊曲康唑胶囊1周，每天2次，每次200mg，然后停药3周，为一个疗程。一般需要2 - 3个疗程，在服用期间需要定期监测肝功能，因为它可能会对肝功能有一定影响。特比萘芬片：这是一种烯丙胺类抗真菌药，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞膜的合成。通常每天口服250mg，连续服用的时间根据病甲的情况而定，一般手指甲灰指甲需要连续服用6 - 12周，脚趾甲灰指甲需要连续服用12 - 16周。同样，服用期间也需要关注肝功能等情况。
手术治疗情况
病甲清除术：对于单发的灰指甲，可以考虑病甲清除术。在局部麻醉下，将病甲拔除。不过，这种方法术后创面容易感染，而且新长出的指甲可能还会再次感染真菌，所以术后需要配合抗真菌药物治疗来降低复发风险。激光治疗：近年来，激光治疗也逐渐应用于灰指甲的治疗。激光可以通过光热效应破坏真菌细胞，但一般需要多次治疗，而且对于不同患者的效果可能存在差异，目前还不是非常普及的治疗方法。