怀孕3个月时肚子有时隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕3个月时，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫周围的韧带，引起肚子隐隐作痛。这种疼痛通常是轻微的，并且是间歇性的，不会持续很长时间。
2.子宫收缩：在怀孕早期，子宫可能会出现不规则的收缩，这种收缩称为假性宫缩。假性宫缩通常不会引起流产，但可能会导致肚子隐隐作痛。
3.其他原因：除了上述原因外，肚子隐隐作痛还可能与其他因素有关，如胃肠道问题、腹部肌肉拉伤、韧带拉伤等。
需要注意的是，如果肚子隐隐作痛伴有阴道出血、剧烈疼痛、发热等症状，可能是异常情况，需要及时就医。此外，如果疼痛持续时间较长、疼痛程度加重或出现其他不适症状，也应及时就医。
在怀孕期间，应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动。同时，应注意饮食卫生，避免食用不洁食物。如果对肚子隐隐作痛的原因感到担忧或不确定，应及时咨询医生，以确保自身和胎儿的健康。