揉眼后眼睛疼，可能由用眼过度、结膜炎、沙眼等原因导致，下面具体阐述：
一、用眼过度：
长时间过度用眼会使眼睛处于疲劳状态，出现充血、水肿等情况，此时揉眼会对局部产生压迫，进而引起疼痛。对此，可通过适当休息来逐渐缓解症状，也可遵医嘱使用萘敏维滴眼液、羧甲基纤维素钠滴眼液等药物来缓解眼疲劳。
二、结膜炎：
揉眼会将手上的细菌或病毒带入眼内引发结膜炎。炎症刺激会致使眼睛内部毛细血管扩张，引起充血、疼痛等表现。可遵医嘱使用盐酸左氧氟沙星滴眼液、红霉素眼膏等药物进行治疗，还可通过冷敷来缓解疼痛。
三、沙眼：
揉眼可能导致沙眼衣原体感染而诱发沙眼，主要有异物感、眼部疼痛等症状，还常伴有畏光、流泪等现象。确诊后需遵医嘱使用磺胺醋酰钠滴眼液、氧氟沙星滴眼液等药物进行治疗，必要时还需口服抗生素，如阿奇霉素、四环素等。
此外，揉眼后眼睛疼也可能是角膜炎引起。因此，平时要养成良好的卫生习惯，勤洗手，避免用手揉眼睛。
总之，揉眼后眼睛疼可能有多种原因，要根据具体情况进行相应的处理和治疗，同时注意眼部卫生。