治扁平疣的药膏有多种，常见的如维A酸类药膏，一般使用几周可能会有效果。
维A酸类药膏
0.1%维A酸乳膏： 通过调节表皮细胞的更新，促进角质层脱落，从而改善扁平疣症状，但使用时可能会有局部刺激，如发红、脱屑等，一般建议晚上睡前少量涂抹。他扎罗汀凝胶： 属于第三代维A酸类药物，作用机制类似，但相对来说刺激性可能稍小一些，使用时也要注意避免接触正常皮肤，用药后要避光。
水杨酸类药膏
水杨酸软膏： 水杨酸可以促进表皮角质层的剥脱，帮助扁平疣的消退。不过对于皮肤敏感的人来说，可能会引起刺痛感，使用时要注意涂抹范围，不要大面积使用。复方水杨酸苯甲酸搽剂： 其中含有水杨酸等成分，有一定的角质剥脱作用，对扁平疣有一定的治疗作用，但使用时要注意按照说明书操作，避免接触眼睛等黏膜部位。
抗病毒类药膏
5%咪喹莫特乳膏： 它可以调节局部的免疫反应，刺激机体产生抗病毒的细胞因子等，从而发挥治疗扁平疣的作用。不过使用后可能会出现局部红斑、瘙痒等不良反应，一般一周使用2 - 3次，每次用药后要清洗双手。干扰素凝胶： 具有抗病毒和调节免疫的作用，能够抑制病毒的复制，增强机体对病毒的抵抗力来帮助消除扁平疣，但涂抹时要注意轻柔，避免用力摩擦导致皮肤破损。
中药类药膏
鸦胆子油： 鸦胆子有一定的腐蚀性，不过现在也有经过加工的鸦胆子油制剂，使用时要小心，避免接触周围正常皮肤，因为可能会对正常皮肤造成损伤。五妙水仙膏： 也是一种中药制剂，有去腐生新的作用，对于扁平疣有一定的治疗效果，但使用时需要由专业人员操作，因为使用不当可能会引起较大的创面。